Hertug Johan Adolf (27. februar 1575 – 31. marts 1616) var fra 1590 til 1616 hertug i de gottorpske dele i hertugdømmerne Slesvig og Holsten. Han var den tredje søn af hertug Adolf af Slesvig.

Hertug Johan Adolf fastslog i 1608, at førstefødselsretten skulle bestemme arvefølgen i det gottorpske fyrstehus. 1596 indgik han ægteskab med Christian 4.s søster Augusta. Omkring 1565 indledte han en omfattende ombygning af Gottorp Slots nordfløj. Han opførte slottets festsal (Hjortesalen) og udbyggede slotskapellet. Han viste interesse for botanik og matematik og opførte slottets bibliotek

Johan Adolf var påvirket af calvinismen og havde reformerte teologer på Gottorp Slot. Dog forblev hustruen Auguste ortodoks lutheraner