Frederik 2. af Slesvig-Holsten-Gottorp (21. april 1568 – 15. juni 1587) var ældste søn af Adolf af Slesvig-Holsten-Gottorp og Christine af Hessen-Kassel. I 1586 blev han hertug af de gottorpske dele af hertugdømmerne Slesvig og Holsten.

 Frederik 2. regerede kun et år. Han døde før adelen kunne vælge og hylde ham. Efter hans død opstod skarpe diskussioner mellem gottorperne, som ønskede en arvehyldning og stænderne, som fremhævede handlingens valgkarakter. Han blev efterfulgt af Philip af Slesvig-Holsten-Gottorp.